Aminoácido
En pocas palabras Los aminoácidos son los bloques con los que se construyen péptidos y proteínas. Veinte de ellos aparecen en el código genético; en la síntesis se emplean además formas modificadas.
Cada aminoácido lleva un grupo amino, un grupo carboxilo y una cadena lateral. La cadena lateral determina si el bloque se lleva bien con el agua o más bien no, y si porta carga. De esas propiedades resulta lo bien que se disuelve el péptido terminado.
Los aminoácidos se unen mediante el enlace peptídico entre el grupo carboxilo y el grupo amino. La escritura de una secuencia sigue esa dirección: del extremo amino libre (N-terminal) al extremo carboxilo libre (C-terminal).
En los nombres de producto los aminoácidos aparecen como abreviaturas. KPV, por ejemplo, corresponde a lisina, prolina y valina: tres bloques, tres letras.
Para la práctica de laboratorio lo importante son sobre todo las cadenas laterales. Deciden si un péptido es afín al agua o la rehúye, y en qué intervalo de pH entra mejor en disolución. Mucha arginina, lisina e histidina vuelven básica la molécula; mucho ácido aspártico y glutámico la vuelven ácida.
Dos aminoácidos merecen atención especial porque reaccionan con el oxígeno: la cisteína y la metionina. Si una secuencia contiene alguno de los dos, el dimetilsulfóxido queda prácticamente descartado como disolvente.
En la síntesis en fase sólida se añade exactamente un aminoácido por ciclo. El número de eslabones es por tanto también el número de pasos de trabajo, y una de las razones por las que las secuencias largas cuestan más que las cortas.